1. komponenta

Vrsta nastave	Ukupno
Predavanja	30
Vježbe u praktikumu	15
Seminar	15

* Opterećenje je izraženo u školskim satima (1 školski sat = 45 minuta)

ISHODI UČENJA:
1. Objasnitii fizikalne temelje difrakcije na kristalu.
2. Objasniti metode određivanja kristalne strukture proteina.
3. Izvesti eksperiment kristalizacije proteina.
4. Primijeniti osnovne metode rješavanja i utočnjavanja struktura proteina.
5. Koristiti se bazama riješenih struktura bioloških makromolekula.

PREDAVANJA:
1. Makroskopska svojstva kristala. 2. Osnove simetrije u kristalima; Millerovi indeksi, točkine grupe. 3. Kristalne rešetke. 4. Prostorne grupe. 5. Osnovni principi difrakcije na monokristalima; Braggov zakon 6. Metode kristalizacije proteina. 7. Izvori i detektori rentgenskog zračenja. 8. Fourierova sinteza; problem faza. 9. Metode sakupljanja difrakcijskih podataka. 10. Proteinske baze podataka. 11. Osnovne metode određivanja kristalne strukture proteina. 12. Izrada modela i utočnjavanje strukture 13. Analiza riješene strukture.
SEMINARI:
Raličite teme, npr.: kristalizacija membranskih proteina; istraživanje strukture proteina SAXS (Small-angle X-ray scattering) metodom; istraživanje strukture proteina difrakcijom rentgenskog zračenja na polikristalnom uzorku; istraživanje strukture proteina NMR metodom; istraživanje strukture proteina neutronskom difrakcijom.
VJEŽBE:
1. Kristalizacija odabranog proteina metodom difuzije para u visećoj kapi.
2. Odabir kristala i sakupljanje difrakcijskih podataka.
3. Procesiranje podataka i rješavanje kristalne strukture odabrane biološke makromolekule korištenjem metode molekulske zamjene.
4. Utočnjavanje kristalne strukture odabrane biološke makromolekule.
5. Analiza i vizualizacija strukture odabrane biološke makromolekule.

1. C. Giacovazzo, H. L. Monaco, G. Artioli, D. Viterbo, G. Ferraris, G. Gilli, G. Zanotti, M. Cati, Fundamentals of Crystallography, 2nd Ed, Oxford University Press, 2002
2. Jan Drenth, Principles of Protein X-Ray Crystallography, 3rd Ed, Springer 2007
3. W. Clegg, Crystal Structure Determination, Oxford University Press, Oxford, 2002

Izborni predmeti - Strukturna biologija - Redovni Studij - Molekularna biologija