Davne 1883. osnovana je Katedra za geografiju na Mudroslovnom fakultetu (današnji Filozofski fakultet) u Zagrebu, najstarija geografska katedra u Jugoistočnoj Europi. Katedra za geografiju u Zagrebu tako je starija i od poznatih geografskih katedri u Heidelbergu (osnovana 1895. godine) ili Chicagu (najstarija u Sjevernoj Americi, osnovana 1903. godine). Osnivač katedre bio je prof. Petar Matković koji je svoje obrazovanje stekao u Beču, Pragu te u Berlinu kod svjetski poznatog profesora Karla Rittera kojega danas, uz Aleksandra Humboldta, smatramo ocem moderne geografije. Njegov rad nastavljaju drugi istaknuti hrvatski geografi poput Hinka Hranilovića, Milana Šenoe i Artura Gavazzija. Gavazzi je, između ostalog, 1919. godine osnovao Zavod za geografiju Sveučilišta u Ljubljani te pokrenuo najstariji geografski znanstveni časopis u Hrvatskoj – Hrvatski geografski glasnik. Među studentima novoosnovane Katedre za geografiju u Zagrebu bila je i Milica Bogdanović iz Vrginmosta, prva žena koja je upisala fakultet nakon što je ženama dozvoljeno studiranje kraljevskim dekretom 1901. godine.
Osnivanje prve Katedre za geografiju rezultat je niza čimbenika od kojih valja posebno istaknuti opći društveno-kulturni preobražaj Hrvatske, transfer geografskih dostignuća iz Europe u Hrvatsku te snažniji razvoj osnovnog i srednjeg obrazovanja. Općenito, druga polovica 19. stoljeća razdoblje je velikih tehnoloških i gospodarskih mijena, a u tom se kontekstu transformira i obrazovanje i školstvo. Još od marijaterezijanskog Ratio Educationes 1777. pučka trogodišnja škola postaje obvezatna i u Hrvatskoj, a osnovno obrazovanje još se snažnije institucionalizira Novim školskim zakonom 1874. U to se vrijeme bilježi i polet srednjeg, osobito gimnazijskog obrazovanja, a „starim” gimnazijama u Senju, Zagrebu, Varaždinu i drugdje, pridružuju se nove. S obzirom da je geografija od početka bila važan općeobrazovni predmet, za te je škole valjalo osigurati učitelje i profesore. Bio je to snažan poticaj za osnivanje studija geografije u Zagrebu i za znanstveni uspon ove grane.
Prvi geografski udžbenici i literatura
Pored obilne geografsko-putopisne literature, razvoj školske geografije uvjetovao je i stvaranje udžbeničke literature. Već 1823. A. Rožić u Varaždinu izdaje „Kratek zavjetek zemljopisnog izpisivanja horvatske i vugerske zemlje i onih orsagov koji pod jednom korunom zajedinjeni jesu”, te uskoro i udžbenik „Mali zemljopis za početnike”. Važan je bio i „Zemljopis pokrajinah ilirskih”, koji u Zagrebu 1843. izdaje gimnazijski kateheta Dragutin Seljan. I drugi autori, poput Marika (1865.), Bradaške (1867.), Tomića (1869.) i Sabljara (1866.) pišu prve udžbenike iz geografije.
Geografski odsjek Prirodoslovno-matematičkog fakulteta
Nakon Drugog svjetskog rata reorganizirani Geografski institut (kasnije zavod) 1947. godine seli s Filozofskog fakulteta na novoosnovani Prirodoslovno-matematički fakultet. Prvi predstojnik bio je Josip Roglić, jedan od vodećih svjetskih znanstvenika svog vremena po pitanju krša. Ubrzo nakon preseljenja Geografskog instituta na PMF, prof. Roglić postaje i dekanom fakulteta. Prirodoslovno-matematički fakultet danas je među najznačajnijim prirodoslovno-znanstvenim centrima u Hrvatskoj, a Geografski odsjek (nosi taj naziv od 1994.) najstarija je i najvažnija visokoškolska i znanstvena ustanova iz područja geografije u našoj zemlji.
Od svoje posljednje reorganizacije 1997. godine Geografski odsjek dijeli se na tri zavoda. Uz Zavod za fizičku geografiju, Zavod za socijalnu geografiju te Zavod za regionalnu geografiju i metodiku, u sklopu odsjeka djeluje i Kartografsko-tehnički centar s bogatom kartografskom zbirkom i Središnja geografska knjižnica osnovana 1910. godine.