Program studija se temelji prvenstveno na istraživanju, te su sve aktivnosti i obveze doktoranda upravo u funkciji provođenja istraživanja. Program uključuje različite oblike rada i nastave, pri čemu je udjel klasične nastave u vidu predavanja minimalan (dva obvezna kolegija, tri izborna), a uključeni su oblici nastave u vidu radionica, internih godišnjih konferencija, te obveze sudjelovanja na međunarodnim konferencijama i objava radova u časopisima. Program studija također ima individualan pristup na način da se za svakog doktoranda, prema temi njegovog istraživanja kreira individualan program.
Struktura studija je modularna; sastoji se od 5 modula, koja se baziraju i predstavljaju glavna aktivna istraživačka područja geografije na Sveučilištu u Zagrebu i u Hrvatskoj, te aktualna istraživačka područja svjetske geografije:
2. Kulturni pejzaži i prostorni identiteti
3. Održivi razvoj i planiranje prostora
Svaki modul obuhvaća više istraživačkih tema, na kojima rade istraživači i nastavnici izvoditelja studija.
Studij u punom radnom vremenu traje tri godine, s mogućnošću produljenja do pet godina, a studij s dijelom radnog vremena traje 5 godina, s mogućnošću produljenja do sedam godina. Pri upisu na studij svaki doktorand potpisuje izjavu o tome hoće li studirati u punom ili u dijelu radnog vremena. Doktorand koji studira s dijelom radnog vremena također mora priložiti izjavu da mu raspoloživo radno vrijeme omogućava ispunjenje obveza prema planu studija.
