# Analize podataka u biološkim istraživanjima - praktikum 2024 # Lucija Kanjer lucija.kanjer@biol.pmf.hr ############################################################## # 1. Uvod u R i RStudio # Ova skripta će vas upoznati sa radom u R-u i RStudio-u. # Uključene su sve korištenje naredbe, ALI NEKE SU NEPOTPUNE ILI SADRŽE NAMJERNE POGREŠKE: # Dovršite naredbe i također dodajte komentare za sebe (koristite # za komentiranje) # # IZVRŠAVANJE NAREDBI: ctrl + Enter # ############################################################# # Prva naredba: ispis teksta iz skripte u konzolu print("Hello world!") # Ovo je primjer komentara cijelog reda print("Dobar dan svijete!") # ovo je komentar nakon naredbe # Definiranje objekata (varijabli) a <- 5 b = 3 # Različiti načina ispisa print(a) # ispis u konzoli a # ispis u konzoli print(a + b) # ispis rezultata u konzoli cat(a) # ispisu u konzoli, ali ima više mogućnosti u odnosu na print() View(a) # ispis u novom tab- u RStudio-a # Primjer: Definirajmo varijablu svoje visine i godine rođenja visina <- godina <- # Ispišimo ove varijable! print() cat # Osnovne operacije u R-u # Zbroj zbroj <- 5 + 3 print(zbroj) # Umnožak umnožak <- 4 * 7 print(umnožak) # Razlika razlika <- # Kvocijent kvocijent <- # Rad s datotekama # Provjeravanje radnog direktorija (working directory) getwd() # Postavljanje radnog direktorija setwd("C:/.....") # Traženje pomoći za naredbe i pakete: help(setwd) ?setwd ??setwd # Učitavanje datoteke s podacima u objekt "zivotinje" zivotinje <- read.table("zivotinje.txt", header = TRUE) # Kako pogledati svoje podatke? print(zivotinje) # ispis cijele tablice u konzoli head(zivotinje) # prikaz "glave" tablice View(zivotinje) # prikaz u novom tabu pored skripte # Za dodatne analize moramo instalirati dodatne R pakete # Instalacija paketa - samo jednom install.packages("ggplot2") # Učitavanje paketa u radno okruženje - pri svakom pokretanju R-a library(ggplot2) # Primjer izrade grafa pomoću paketa ggplot2 # izrada objekta "graf_visina" graf_visina <- ggplot(data = zivotinje, aes(x = vrsta, y = visina_cm)) + geom_boxplot(aes(color = skupina)) + labs(title = "Visina životinja", x = "vrsta", y = "visina (cm)") # ispis objekta "graf" graf_visina # Izmjenite gornji graf tako da se umjesto visine prikazuju podaci za masu! # Pazite da izmjenitie naslov grafa i nazive osi da odgovaraju novom prikazu. #################################################################### # Samostalni zadaci # 1. Kreirajte 3 varijable za visine 3 različite životinje. # 2. Izračunajte i ispišite umnožak visine životinja koje ste upisali. # 3. Napravite novu mapu naziva "biljke" te ju postavite kao novi radni direktorij. # 4. Instalirajte paket "RColorBrewer" i učitajte ga u radno okruženje.